De maker van Spirited Away en Howl's Moving Castle is terug met een magische Japanse animatie waarin een klein goudvisje een mensenkind wil worden.

De vijfjarige Sosuke woont in een klein dorp hoog op een berg, uitkijkend over de zee. Op een morgen ontdekt hij beneden op het strand een goudvis. De vis, genaamd Ponyo, zit met haar hoofd vast in een glazen pot waar hij haar uit bevrijdt.

Sosuke besluit Ponyo te houden en de twee raken gefascineerd door elkaar. Ponyo wil graag een mens worden om samen te zijn met Sosuke. Maar Ponyo's vader Fujimoto (ooit mens, maar nu een tovenaar die diep in de zee leeft) dwingt haar weer terug naar huis te komen.

De kleine goudvis is vastberaden om een meisje te worden en terug te keren naar Sosuke. Haar wacht echter een andere taak. Eén waar de toekomst van de wereld van afhangt.

Ponyo on the Cliff by the Sea is Hayao Miyazaki's respons op de beproevingen en onzekerheden van de tijd waarin we leven.